走进不科学 第238节
二，青苔中伴生或者寄生着某种、甚至多重未知的微生物。
因此徐云他们做的第一件事，便是确定青苔净化能力的来源。
十五分钟后。
周佩瑶从电子显微镜上抬起头，对徐云道：
“徐神，我核对了foc和华夏植物志，青苔从形态上符合常见的水生类苔藓。”
“另外基因的its也测出来了，没有变异迹象，可以断定它不是新物种，自身不存在净化能力。”
徐云面色平静的点了点头。
周佩瑶的实验结果很明了，直接排除了第一种可能性。
因此具备洁净效果的，应该就是青苔中存在的某种微生物了。
这个答案并不意外。
目前地球上已经发现的微生物——包括细菌、真菌、藻类等在内，总数大约有两百多万。
至于未被发现的数量就更多了，并且波动很大。
众所周知。
目前推测生物种数一共有两类方法：
一类是直接请分类学专家通过理论推算，评估世界上可能还有多少物种待发现。
另一类方法是根据已详细调查区域的物种数量，外推至全球的总物种数。
然而，这些方法有许多假设与限制，使得推算的总物种数差异甚大。
最低的推算数值是三百万，最高的甚至达到了一个亿。
目前接受度比较高的一个数字，是由夏威夷大学马诺阿分校camilo mora教授提出来的：
870万，不包括病毒。
他是应用生物分类阶层——也就是生物课本里学过的界门纲目科属种的数量趋势，推估出出来的这个数字（org/content/113/21/5970）
例如某动物门=10纲=100目=1000科=10000属=100000种，同时不同类群的分类阶层数量有相似的趋势，且高阶分类相对于种较稳定。
因此经过一系列的模拟，最终可推估得到较可信的总物种数。
camilo mora教授的这篇论文是目前全球被引用次数最多的统计文稿之一，也算是个比较权威的推论了。
870万对比200万。
因此在青苔之中发现某种甚至多种微生物的存在，徐云真的一点儿都不惊讶。
随后他沉思片刻，对裘生道：
“老裘，先做16s相似度检测吧。”
裘生点点头，飞快的带上套……手套，说道：
“行，我立马就做。”
一般来说。
如果是培养皿培育出的菌株，检测或者对比的难度往往都不高。
但对象若是自然界富集的样本，操作起来就比较麻烦了。
徐云所说的16s相似度检测，指的是核糖体小亚基的rna组分检测。
也就是16srrna。
这部分长度大约1500nt，不同物种略有差异，算是目前主流的九大新物检测步骤之一。
五分钟后。
裘生抬起头，对徐云道：
“老徐，准备好了，引物你觉得用啥？”
徐云想了想，很快道：
“1492r吧。”
“好嘞！”
半个小时后。
裘生抬起头，打了个响指：
“搞定，扩出来了，blast的密匙你有吧？”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮，随后走到操作台边，噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16s相似度检测的界限其实有些模糊，因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97％，有的是99％。
只是在通常情况下。
相似度超过97％的，就可以认为是一个物种。
相似度低于97％的，就可以认为是不同物种，进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段，却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎：
大部分样本在经过检测之后，都会发现相似度在99.99％以上，与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头，声音骤然拔高了几分：
“老徐，相似度46.9％，46.9％！！”
“毫无疑问，这是一类新物！”
徐云认真的看了他一眼，确认道：
“只有一种新物吗？”
“没错，只有一种！”
徐云若有所思的点点头，又道：
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程：
1、16s相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等，还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定，这个具有属特异性。
4、呼吸醌，也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种，这个有种特异性。
5、分子杂交，也就是测定基因组序列，草图就行，然后跟近源物种去比较。
相似度超过70％是一个种，低于70％是不同物种。
6、碳源利用情况，看一下能利用哪些碳源，一共有95种碳源的测试。
7、api试剂盒鉴定，生理生化鉴定的一方面。
8、gc含量。
9、革兰氏染色。
大概经过这些方面的检查，就可以确定是不是新种了。（注：不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看？这种详细流程应该没有其他书写过，找人问其实很麻烦的，要是还被嫌水下次我就不写了）
其中第五个流程，也就是分子杂交这次可以直接忽略——毕竟第一部 测出来的46.9％实在是差距太明显了。
考虑到时间问题，徐云将几个步骤逐一分工，由几位工具人……咳咳，课题组成员同步进行。
五个小时后。
一道最终报告出炉了。
“节丛孢属的一类全新微生物，1000倍油镜下可观察到形态，体外具备大量假丝。”
“这种假丝可以分离，与目标结合完成某种化合反应，这是……秃头攻击？”
“一片青苔中可以高密度富集8000单位的极少量新物，特性上与嗜酸乳杆菌有一定类似……嗯？”
随后看着其中的一栏报告，徐云有些疑惑的抬起头，对裘生问道：
“老裘，新物对食物残渣的净化效果最为明显？”
裘生点了点头，指着不远处的一个培养皿道：
“经过我们的初步检测，这种新型微生物可以有效遏制残渣中氨气、有机酸和硫化物的生成。”
“并且对奈瑟氏菌和厌氧链球菌之类的细菌，有着极强的杀伤力。”
徐云微微一愣：
“奈瑟氏菌和厌氧链球菌？”
不过很快，他便反应了过来：
这两种细菌，都是人体唾液和牙龈的标准分泌物之一：
每一毫升的普通唾液里可以寻找出奈瑟氏菌8000万个，在每一克牙龈分泌物中更是可以寻找出10亿个厌氧链球菌。
在食堂里吐出骨头啦、吐出西红柿皮啦、吐出半截蛆虫时沾染上这些细菌，最后流入下水管道是很正常的事情。
接着徐云指着报告，对裘生说道：
“老裘，新种只对食物残渣和唾液细菌有效吗？”
因此徐云他们做的第一件事，便是确定青苔净化能力的来源。
十五分钟后。
周佩瑶从电子显微镜上抬起头，对徐云道：
“徐神，我核对了foc和华夏植物志，青苔从形态上符合常见的水生类苔藓。”
“另外基因的its也测出来了，没有变异迹象，可以断定它不是新物种，自身不存在净化能力。”
徐云面色平静的点了点头。
周佩瑶的实验结果很明了，直接排除了第一种可能性。
因此具备洁净效果的，应该就是青苔中存在的某种微生物了。
这个答案并不意外。
目前地球上已经发现的微生物——包括细菌、真菌、藻类等在内，总数大约有两百多万。
至于未被发现的数量就更多了，并且波动很大。
众所周知。
目前推测生物种数一共有两类方法：
一类是直接请分类学专家通过理论推算，评估世界上可能还有多少物种待发现。
另一类方法是根据已详细调查区域的物种数量，外推至全球的总物种数。
然而，这些方法有许多假设与限制，使得推算的总物种数差异甚大。
最低的推算数值是三百万，最高的甚至达到了一个亿。
目前接受度比较高的一个数字，是由夏威夷大学马诺阿分校camilo mora教授提出来的：
870万，不包括病毒。
他是应用生物分类阶层——也就是生物课本里学过的界门纲目科属种的数量趋势，推估出出来的这个数字（org/content/113/21/5970）
例如某动物门=10纲=100目=1000科=10000属=100000种，同时不同类群的分类阶层数量有相似的趋势，且高阶分类相对于种较稳定。
因此经过一系列的模拟，最终可推估得到较可信的总物种数。
camilo mora教授的这篇论文是目前全球被引用次数最多的统计文稿之一，也算是个比较权威的推论了。
870万对比200万。
因此在青苔之中发现某种甚至多种微生物的存在，徐云真的一点儿都不惊讶。
随后他沉思片刻，对裘生道：
“老裘，先做16s相似度检测吧。”
裘生点点头，飞快的带上套……手套，说道：
“行，我立马就做。”
一般来说。
如果是培养皿培育出的菌株，检测或者对比的难度往往都不高。
但对象若是自然界富集的样本，操作起来就比较麻烦了。
徐云所说的16s相似度检测，指的是核糖体小亚基的rna组分检测。
也就是16srrna。
这部分长度大约1500nt，不同物种略有差异，算是目前主流的九大新物检测步骤之一。
五分钟后。
裘生抬起头，对徐云道：
“老徐，准备好了，引物你觉得用啥？”
徐云想了想，很快道：
“1492r吧。”
“好嘞！”
半个小时后。
裘生抬起头，打了个响指：
“搞定，扩出来了，blast的密匙你有吧？”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮，随后走到操作台边，噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16s相似度检测的界限其实有些模糊，因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97％，有的是99％。
只是在通常情况下。
相似度超过97％的，就可以认为是一个物种。
相似度低于97％的，就可以认为是不同物种，进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段，却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎：
大部分样本在经过检测之后，都会发现相似度在99.99％以上，与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头，声音骤然拔高了几分：
“老徐，相似度46.9％，46.9％！！”
“毫无疑问，这是一类新物！”
徐云认真的看了他一眼，确认道：
“只有一种新物吗？”
“没错，只有一种！”
徐云若有所思的点点头，又道：
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程：
1、16s相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等，还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定，这个具有属特异性。
4、呼吸醌，也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种，这个有种特异性。
5、分子杂交，也就是测定基因组序列，草图就行，然后跟近源物种去比较。
相似度超过70％是一个种，低于70％是不同物种。
6、碳源利用情况，看一下能利用哪些碳源，一共有95种碳源的测试。
7、api试剂盒鉴定，生理生化鉴定的一方面。
8、gc含量。
9、革兰氏染色。
大概经过这些方面的检查，就可以确定是不是新种了。（注：不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看？这种详细流程应该没有其他书写过，找人问其实很麻烦的，要是还被嫌水下次我就不写了）
其中第五个流程，也就是分子杂交这次可以直接忽略——毕竟第一部 测出来的46.9％实在是差距太明显了。
考虑到时间问题，徐云将几个步骤逐一分工，由几位工具人……咳咳，课题组成员同步进行。
五个小时后。
一道最终报告出炉了。
“节丛孢属的一类全新微生物，1000倍油镜下可观察到形态，体外具备大量假丝。”
“这种假丝可以分离，与目标结合完成某种化合反应，这是……秃头攻击？”
“一片青苔中可以高密度富集8000单位的极少量新物，特性上与嗜酸乳杆菌有一定类似……嗯？”
随后看着其中的一栏报告，徐云有些疑惑的抬起头，对裘生问道：
“老裘，新物对食物残渣的净化效果最为明显？”
裘生点了点头，指着不远处的一个培养皿道：
“经过我们的初步检测，这种新型微生物可以有效遏制残渣中氨气、有机酸和硫化物的生成。”
“并且对奈瑟氏菌和厌氧链球菌之类的细菌，有着极强的杀伤力。”
徐云微微一愣：
“奈瑟氏菌和厌氧链球菌？”
不过很快，他便反应了过来：
这两种细菌，都是人体唾液和牙龈的标准分泌物之一：
每一毫升的普通唾液里可以寻找出奈瑟氏菌8000万个，在每一克牙龈分泌物中更是可以寻找出10亿个厌氧链球菌。
在食堂里吐出骨头啦、吐出西红柿皮啦、吐出半截蛆虫时沾染上这些细菌，最后流入下水管道是很正常的事情。
接着徐云指着报告，对裘生说道：
“老裘，新种只对食物残渣和唾液细菌有效吗？”